연말정산 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 대한 Q&A

연말부터 연초에 근로소득자들은 연말정산을 하게 됩니다. 이 연말정산 하는데 있어서 처음 취업하는 분들은 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 받을 수가 있는데 여기에서는 이에 대한 질의응답에 대해 알아보도록 하려고합니다. 이에 대해 궁금한 점이 있는 분들은 자세히 살펴보시기 바랍니다.

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 썸네일

 

 

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면

 

1. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용 대상자는?

근로계약 체결일 현재 연령이 만 15～34세* 이하인 청년, 60세 이상인 사람 또는 장애인 및 경력단절여성이 ｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업으로서 일정한 중소기업에 2012.1.1(60세 이상인 사람 또는 장애인의 경우 2014.1.1. 및 경력단절여성의 경우 2017.1.1.)부터 2023.12.31까지 취업(경력단절여성의 경우 동종업종에 재취업)하는 경우 취업일로부터 3년간(청년의 경우 5년) 해당 중소기업에서 받는 근로소득에 대한 소득세의 70%(청년의 경우 90%)를 세액감면 받을 수 있습니다. 

 

2. 2011.12.31. 이전에 중소기업에 취업하여 계속 근무하고 있는 경우 ’12년부터 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면이 가능한지?

안됩니다. 중소기업취업자에 대한 소득세 감면은 2012.1.1. 이후 중소기업에 취업하는 경우부터 적용합니다. 따라서 2011.12.31. 이전부터 이미 중소기업에 취업하여 계속 근무중인 경우에는 감면을 적용받을 수 없습니다. 또한 2011.12.31. 이전에 중소기업체에 취업한 자가 계약기간 연장 등을 통해 해당 중소기업체에 재취업하는 경우에도 감면을 적용받을 수 없습니다.

 

3. 2011.12.31. 이전에 대기업 등에서 정규직 및 계약직, 인턴, 아르바이트 등으로 근무하다가 2012.1.1. 이후 중소기업에 정규직으로 취업하여 근무하는 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

예, 2011.12.31. 이전에 대(중소)기업 등에 정규직이나 비정규직으로 근무한 사실여부와 관계없이 2012.1.1. 이후 중소기업 취업자로서 감면요건을 충족하면 소득세 감면대상자에 해당합니다.

 

4. 2011년에 중소기업에서 근무하다가 2017년 중에 특수관계 있는 다른 중소기업으로 전입한 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

안됩니다. 2011.12.31. 이전에 중소기업에 취업한 자가 법인세법 시행령 제87조에 따른 특수관계 있는 다른 중소기업에 전입하여 근무하는 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받지 못합니다.

 

 

5. 파견근로자에서 정규직 근로자로 채용된 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

예, ｢파견근로자보호 등에 관한 법률｣에 따라 파견사업주에 고용되어 중소기업에 파견근무를 하다가 퇴직한 후 해당 중소기업의 정규직 근로자로 취업하여 근무하는 경우, 감면요건을 충족하면 그 해당 중소기업의 취업일로부터 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있습니다. 

 

6. 중소기업에 취업할 당시 연령이 40세인 장애인인 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용 대상인지?

예, 장애인이 중소기업에 취업한 경우 나이와 상관없이 소득세 감면 대상입니다.

 

* 중소기업 취업자 소득세 감면대상 장애인 1) 2014.1.1.∼2019.2.11.취업자 - ｢장애인복지법｣ 의 적용을 받는 장애인 - ｢국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률｣에 따른 상이자 2) 2019.2.12이후 취업자: (장애인 범위 확대로 아래의 경우도 가능함) - ｢5·18민주유공자예우에관한 법률｣에 따른 5·18민주화운동부상자, - ｢고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체 설립에 관한 법률｣에 따른 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람

 

7. 남편이 대표자인 개인사업체에서 근무 중인 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

안됩니다. 개인사업자의 대표자와 그 배우자는 감면대상에서 제외되므로 소득세 감면을 적용할 수 없습니다.

소득세 감면대상에서 제외되는 자는 아래와 같습니다.

1. ｢법인세법 시행령｣ 제20조 제1항 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 임원

2. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말함)와 그 배우자

3. 제2호에 해당하는 자의 직계존속·비속(그 배우자를 포함) 및 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 사람

4. ｢소득세법｣ 제14조 제3항 제2호에 따른 일용근로자

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 보험료 등의 납부사실이 확인되지 아니하는 사람 가. ｢국민연금법｣ 제3조 제1항 제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금 나. ｢국민건강보험법｣ 제69조에 따른 직장가입자의 보험료 단, 국민연금법 제6조 단서 및 국민건강보험법 제5조 제1항 단서에 따라 가입대상이 되지 않는 경우 제외

 

8. 일용근로자도 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면이 적용되는지?

안됩니다. 일용근로자는 감면대상에서 제외됩니다.

 

 

9. 근로계약 체결일 현재 나이가 34세 3개월인 청년은 중소기업 취업자 소득세 감면 대상인지?

예, 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용시 중소기업에 취업하는 사람의 연령이 근로계약 체결일 현재 만 35세 미만(병역 이행기간 차감)인 경우 ‘34세 이하’에 포함되어 소득세 감면을 적용 합니다. 2018년 세법개정으로 인해 청년 연령 범위가 당초 15~29세에서 15세~34세로 확대되었습니다.

 

10. 정년퇴직 후 중소기업에 재취업하였는데, 재취업할 당시 연령이 56세인 경우 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

안됩니다. 2014.1.1.이후 입사자로서 근로계약 체결일 현재 60세 이상인 경우에만 감면받을 수 있습니다. 다만, 장애인인 경우 나이에 상관없이 감면 받을 수 있습니다.

 

11. 병역을 이행한 청년 취업자의 연령에서 차감하는 군복무 기간과 제외대상 병역의 종류는?

청년이란 근로계약 체결일 현재 연령이 15세 이상 34세 이하인 사람을 의미합니다. 다만, 아래 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 함)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 의미합니다.

- ｢병역법｣ 제16조 또는 제20조에 따른 현역병(같은 법 제21조, 제24조, 제25조에 따라 복무한 상근예비역 및 의무경찰·의무소방원을 포함) - ｢병역법｣ 제26조 제1항에 따른 사회복무요원 - ｢군인사법｣ 제2조 제1호에 따른 현역에 복무하는 장교, 준사관 및 부사관

 

12. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받던 청년이 다른 중소기업으로 이직하는 경우 이직 당시 만 34세 이하의 연령 요건을 충족하여야 하는지?

아닙니다. 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받던 청년이 다른 중소기업체로 이직하는 경우에는 그 이직 당시의 연령에 관계없이 소득세를 감면받은 최초 취업일로부터 3년(5년으로 확대)이 속하는 달까지 발생한 소득에 대하여 감면을 적용받을 수 있는 것입니다.(이직 시 연령요건 불필요)

 

 

13. 취업한 회사가 중소기업기본법 제2조의 중소기업에만 해당하면 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

취업한 중소기업이「중소기업기본법」에 해당하는 중소기업이라 하더라도「조세특례제한법 시행령」제27조 제3항으로 정하는 기업에 해당하는 경우에 한하여 감면 적용됩니다.(열거업종 충족)

※ 중소기업체에 해당하지 않는 기업 예시 ① 중소기업기본법에 따른 중소기업에 해당하지 않는 기업 ② 중소기업기본법에 따른 중소기업에 해당하나, - 금융 및 보험업, 보건업 - 전문서비스업(법무서비스, 변호사업, 변리사업, 법무사업, 회계서비스 등) - 음식점업 중 주점 및 비알콜음료점업, 비디오물감상실 - 기타 개인서비스업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업 ③ 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업

 

14. 대기업과 합병한 사업연도에 지급한 근로소득은 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용 대상인지?

중소기업 외의 기업과 합병하여 합병일이 속하는 과세연도부터 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 합병일이 속한 과세연도 개시일 이후 합병일 전에 지급한 근로소득에 대하여는 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용할 수 있습니다.

 

15. 중소기업기본법의 기준을 충족한 비영리 재단법인에 취업한 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

｢민법｣ 제32조에 따라 설립된 법인으로서 ｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업의 기준을 충족하고 ｢조특법 시행령｣ 제27조 제3항에 해당하는 사업을 영위하는 비영리 재단법인에 취업하는 경우 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받을 수 있습니다.

 

16. 근무 중인 중소기업이 실질적인 독립성 기준에 부적합하여 내년부터 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면은 계속 적용이 가능한지?

취업일이 속하는 과세연도에는 ｢조세특례제한법｣ 제30조 제1항에 규정하는 중소기업체에 해당하였으나 실질적 독립성 기준 부적합으로 유예기간 없이 그 다음연도부터 중소기업체에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사업연도부터는 감면을 적용받을 수 없습니다.

 

 

17. 취업일이 속하는 과세연도는 중소기업이었으나 규모의 확대로 인해 다음연도부터 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

취업일이 속하는 과세연도에는 중소기업에 해당하였으나 해당 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 그 다음연도부터 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 유예기간까지는 중소기업으로 봅니다. 따라서, 중소기업으로 보는 유예기간까지는 감면규정을 적용받을 수 있습니다. 

 

18. 생애 최초로 취업한 경우에만 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

아닙니다. 2012.1.1. 이후 근로계약 체결일 현재 연령요건을 충족하는 청년[60세 이상인 사람 또는 장애인은 2014.1.1. 이후]이 감면 요건을 충족하는 중소기업체에 취업(재취업 포함)하는 경우 감면을 적용하는 것으로 생애 최초 취업이 필요 요건은 아닙니다.

예) 2013년 입사 후 이직, 2018년 재입사 ⇒ 2013년 또는 2018년 중 선택하여 감면적용 가능

 

19. 재취업자인 경우 중소기업 취업자 소득세 감면 신청서 상 취업 시 연령은 기존회사 입사일과 재취업한 회사의 입사일 중 어느 날을 기준으로 계산하는 것인지?

재취업 이전에는 감면신청을 하지 않았고, 재취업 이후 최초로 감면을 신청하고자 하는 경우에 해당하는 근로자가 기존회사 입사일 기준으로도, 재취업 회사 입사일 기준으로도 감면요건이 충족된다면 근로자가 감면을 적용받고자 하는 회사를 선택하여 그 회사의 근로계약 체결일 기준 연령으로 계산하면 됩니다.

예) 2013.7.1 입사 후 이직, 2022.4.1 재입사한 경우 -> 2013년부터 감면 적용 시에는 취업일(감면기간 기산일) : 2013.7.1 -> 2022년부터 감면 적용 시에는 취업일(감면기간 기산일) : 2022.4.1

 

20. 취업 후 이직하는 경우 중소기업 취업자 소득세 감면 적용 기간은 어떻게 되는지?

(이전 회사에서 감면을 신청한 경우)

소득세 감면기간은 소득세를 감면받은 사람이 요건 충족하는 다른 중소기업체에 취업하거나 해당 중소기업체에 재취업하는 경우에는 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 기간 중단없이 계산합니다.

예) 2015년 4월, A 중소기업에 취업한 청년이 감면을 적용받다가 2017년 4월 퇴사 한 후 2018년 4월, B 중소기업으로 재취업한 경우 → 취업일로부터 5년간(2015년 4월∼2020년 4월) 소득에 대해 감면

 

 

21. 2015.1.1. 취업하는 경우 중소기업 취업자 소득세 감면 기간은?

감면기간시작일은 취업일이며 감면기간종료일은 취업일부터 3년(청년의 경우 5년)이 되는 날이 속하는 달의 말일까지 입니다. 따라서 감면기간은 2015.1.1~2018.1.31까지 (청년의 경우 2015.1.1.~ 2020.1.31.까지)입니다.

 

22. 취업 후 이직하는 경우 중소기업 취업자 소득세 감면 적용 기간은 어떻게 되는지?

(이전 회사에서 감면 신청을 안 한 경우)

○취업일로부터 3년(청년 5년)이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 소득에 대해서 소득세를 감면하되, 감면기간은 근로자가 다른 중소기업에 취업하거나 해당 중소기업에 재취업하는 경우에 관계없이 최초 감면신청한 회사의 취업일부터 계산합니다. 따라서, 이직 후 재취업한 중소기업에 처음 감면신청서를 제출했다면 재취업한 회사의 취업일부터 감면기간을 적용받게 됩니다.

 

23. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받으려면 어떻게 해야 하는지?

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 신청 절차는 아래와 같습니다.

1) 재직 중 근로자 (감면신청서 제출) 감면을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자(회사)에게 중소기업 취업자 소득세 감면 신청서(조특법 시행규칙 별지 제11호 서식)를 취업일이 속하는 달의 다음달 말일까지 제출해야 합니다. (소급제출 가능) * 이때 해당되는 관련서류를 첨부해서 제출해야 합니다. - 병역복무기간을 증명하는 서류(병적증명서 등) - 장애인등록증(수첩, 복지카드)사본 - 근로소득원천징수영수증 (중소기업 취업 감면을 적용받은 청년이 다른 중소기업체에 취업하거나 해당 중소기업체에 재취업하는 경우)

(경정청구) 연말정산 이후 소급하여 감면신청하는 경우에는 아래 서류를 준비하여 근로자가 종합소득세 경정청구를 통해 감면을 적용받을 수 있습니다. - 중소기업자 소득세 감면신청서 사본 1부. - 중소기업자 소득세 감면명세서 사본 1부.

2) 퇴직한 근로자 감면신청서 및 경정청구서를 위에 제시된 첨부서류와 함께 근로자 주소지 관할 세무서에 제출하여 감면 신청할 수 있습니다.

 

24. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 신청서를 제출받은 원천징수의무자(회사)가 알아야 할 사항은?

근로자로부터 감면신청서를 받은 원천징수의무자가 알아야 할 사항

(① 감면대상명세서 제출) 감면신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 감면신청을 한 근로자의 명단을 중소기업 취업자 소득세 감면 대상 명세서(조특법 시행규칙 별지 제11호의2 서식)에 기재하여 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

(② 매월 원천징수신고) 원천징수의무자는 감면대상 취업자로부터 감면신청서를 제출받은 달의 다음 달부터 근로소득간이세액표상 소득세에 감면율 적용하여 징수하고, 원천징수이행상황신고서 상 "인원" 과 "총지급액"에는 감면대상을 포함하여 신고합니다.

(③ 연말정산) 감면대상 근로자의 경우에 연말정산을 실시할 때 근로소득지급명세서상 감면세액을 반영합니다.

 

 

25. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 부적격 통지를 받은 경우 원천징수의무자가 해야 하는 조치는?

감면 부적격 통지를 받은 원천징수의무자가 알아야 할 사항

① 근로자 재직시 감면 부적격 통지를 받은 이후 근로소득을 지급하는 때에 당초 원천징수하였어야 할 세액에 미달하는 금액의 합계액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 월 원천징수세액에 더하여 징수해야 합니다.

② 근로자 퇴직시 원천징수의무자는 원천징수 관할 세무서장에게 중소기업 취업자 소득세 감면 부적격 대상 퇴직자 명세서를 제출해야 합니다.

 

26. 근무하던 중소기업에서 취업자 소득세 감면신청을 하지 않은 채 퇴사하였고, 회사는 이미 폐업하였음. 지금 감면 신청하는 방법은?

회사가 폐업한 경우 주소지 관할세무서에 감면신청 가능합니다.

 

27. 전에 다니던 회사에서 중소기업 취업자 소득세 감면 대상 명세서 제출에 협조하지 않을 경우 회사를 통하지 않고 직접 경정청구를 할 수 있는지?

’19.1.1.부터 퇴직한 근로자에 한하여 근로자의 주소지 관할 세무서에 직접 감면 신청이 가능합니다.

 

28. 종전 근무지에서 3년간 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받고 이직하였는데, 감면기간이 5년으로 연장됨에 따라 재취업한 회사에서 추가 감면 적용이 가능해 진 경우 소득세 감면 신청서는 어느 회사에 제출해야 하는지?

재취업한 회사에 제출하면 됩니다.

 

29. 2016년 6월 중소기업 A 취업 당시 33세이고 2018년 6월 중소기업 B 취업시 36세인 경우 감면신청서는 어느 회사에 제출해야 하는지?

B사 입사 기준으로는 감면요건이 충족되지 아니하나 감면신청서는 현재의 원천징수의무자인 B사에만 제출하면 됩니다. - 이직 시 연령요건은 불필요하며 A회사 취업시 연령 및 중소기업 요건을 충족하였다면 A회사 입사일을 기산일로 하여 감면기간*을 계산합니다.

* 감면기간시작일 : 2016년 6월, 감면기간 : 2018년 1월∼2021년 6월

 

30. 중소기업 취업자 소득세 감면 대상기간 증가(3년 → 5년)로 인해 2018년도에 추가로 감면요건이 충족된 기존 감면 신청자의 경우 감면신청을 새로 해야 하는지?

예, 법 개정 전 이미 감면신청을 한 청년도 5년으로 개정된 감면대상기간을 적용받으려면 중소기업 취업자 소득세 감면신청 절차를 새로 이행하여야 합니다.

 

31. 취업 당시 중소기업 취업자 소득세 감면신청서를 기한 내에 제출하지 못한 경우, 이후에라도 감면신청이 가능한지?

예, 중소기업 취업자 소득세 감면신청서를 신청기한까지 제출하지 아니하고 신청기한 경과 후 제출하는 경우에도 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있으며, 이 경우에도 취업일부터 감면 적용을 받습니다.(소급제출 가능) 

 

32. 중소기업에 취업한 외국인이 국민연금 가입 예외사유에 해당하여 국민연금에 가입하지 아니하고 국민연금을 납부하지 아니한 경우 중소기업 취업자 감면이 가능한지?  

국민연금법에 따른 사회보장협정 체결에 따라 국내체류 외국인의 국민연금 납부가 면제되는 경우 조세특례제한법 제30조 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용이 가능합니다.

 

33. 영리를 목적으로 사업을 영위하지 않아 ｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업에 해당하지 않는 비영리 기업은 ｢조세특례 제한법｣ 제30조의 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 규정을 적용 받을 수 있는지?

비영리기업이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제27조 제3항에 열거된 사업을 주된 사업(｢통계법｣ 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류)으로 영위하고, ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항의 중소기업 요건을 충족하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제30조에 따른 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용이 가능합니다.

 

34. '11.12.31. 이전에 중소기업에 취업한 자가 동일기업에 재취업한 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용이 가능한지?

'11.12.31 이전에 중소기업인 A사에 취업하였다가 퇴사 후 '12.1.1. 이후 A사에 재취업한 경우 해당 A사 재취업이 계약기간 연장 등(계약기간의 연장과 유사한 방식을 통해서 해당기업체에 실질적으로 계속하여 근무를 하고 있음에도 형식상 퇴사 처리 후 재취업한 경우 포함)을 통해 중소기업에 재취업한 것에 해당하지 아니하는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제30조에 따른 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용이 가능합니다.

※’13.12.31. 이전에 중소기업에 취업한 60세 이상 근로자가 14.1.1. 이후 동일기업에 재취업한 경우에도 재취업이 계약기간 연장 등에 해당하는지 여부를 사실판단하여 감면여부 검토

 

35. “청년”으로서 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받은 후에 다시 “경력단절 여성”으로서 동일한 감면을 적용받을 수 있는지?

(다른 요건이 모두 충족되었음을 가정)

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 대상 “청년” 및 “경력단절 여성”에 모두 해당하는 경우에는, “청년”으로 해당 감면을 적용받은 기간을 제외한 나머지 기간에 대해서는 “경력단절 여성”으로서 감면을 적용받을 수 있는 것입니다. 

 

마무리

지금까지 연말정산 중에 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 대한 질의응답에 대해 알아보았습니다. 해당 공제는 공제요건이 까다로우므로 원천징수의무자 입장에서 신중히 공제해야 하는데 해당 요건 충족여부를 잘 확인해보고 적용하시길 바랍니다.

 

 

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